国公立大学及び難関私立大学の合格を目指し、学習活動に学校生活の軸足を置きつつ様々なことに挑戦するコースです。特進コースには「選抜クラス」「特進クラス」という2種類のクラスがあります。選抜クラスは、より学習に集中した生活になります。進路や学習方法に関する講演会も行われます。特進クラスは、学習とクラブ活動との高い水準での両立を目標とします。両クラス共に朝学習や勉強合宿などの学習行事があり、多くの生徒が放課後講座や夏期・冬期講習を受講します。
他コースと比べ授業内容は高度で、毎日の予習復習は必須となります。また、学習習慣を身に付けるためにも宿題や小テストが頻繁に課されます。これらの課題を乗り越えるには、日々の継続的な努力が欠かせないのは言うまでもありませんが、その努力が実を結ぶよう、コースの総力を挙げて基礎・基本を確実にサポートします。カリキュラムは、1・2年次で基本的な内容を終え、3年次には大学受験に直結する「演習」中心の授業となります。英語、数学、国語では1年次より到達度別クラス編成を行い、きめ細やかに指導していきます。学年が進むと選択科目が多くなり、自分にフィットした授業を履修することができます。

選抜クラスは、一般選抜（一般入試）を通して国公立大学や難関私立大学の現役合格を目指すクラスです。高い志を持つ仲間と共に、高い指導力を持つ教員陣による補習や学習行事に参加することで、学力だけでなく総合的な「人間力」を大きく向上させることができます。また、２年次には他クラスよりも多い34単位分の授業を受けることになり、３年間同じクラスで過ごすため、友人同士の結束力も高まります。

コース独自の取り組みとして、夏季休業中の７月後半に勉強合宿を実施しています。3泊4日の日程で学校を離れた環境で学習に臨む内容です。原則的に1年生は全員参加、2・3年生は希望制ではありますが多くの生徒が参加する合宿となっています。自習中心のプログラムですが、集中講義も数多く行い、1日10時間を越える学習を実施します。卒業生や現役東大生を招いて特別座談会を実施したこともありました。勉強だけではなく、合宿所近隣の見学や、バーベキューなどの企画も実施しています。

特進コースでは、大学入試に精通した教員が、厳しくも温かい指導を展開し、生徒は教員とその指導を信頼し、日々学習を積み重ねています。実際、卒業生の多くは学校の授業・補習とその予習・復習だけで大学入試を突破しています。近年、進学実績が伸びており、国公立大学及び難関私立大学にも合格する生徒が増えてきました。その要因の1つは、多くの生徒が在学中に学力の伸びを実感し、一般選抜で難関大学受験に挑戦し、複数の合格を勝ち取ってくるケースが増えていることです。コース全体に挑戦する雰囲気があり、楽しくも緊張感のある授業が展開されています。